As espécies invasoras "são uma ameaça" ao ecossistema no Baixo-Vouga Lagunar que "nem o dique pode conseguir controlar". Os especialistas alertam para a importância de se conseguir um equilíbrio entre água salgada e água doce e assumem que "só com mecanismos reguladores será possível esse equilíbrio". Fernando Leão, biólogo da UA com acção no Instituto de Ambiente e Desenvolvimento da Universidade de Aveiro, admite que se trata de um desafio complexo porque o dique "não irá resolver, por si, todos os problemas". "A gestão da água, salgada e doce, deve ser feita na zona de transição do dique que é uma zona de 'conservação da natureza'. Deve existir uma dinâmica controlada para que os efeitos da água salgada sejam menorizados". No Baixo Vouga "em alguns locais o dique provoca alteração aos níveis de salinidade. A comunidade vegetal está a ser substituída naturalmente por espécies exóticas com carácter invasor, o que é nefasto". Os 'penachos' espalhados na região são exemplos de espécies invasoras que "continuam a proliferar". Para os especialistas, "são também um sinal do que poderá acontecer a algumas áreas da ria com o desaparecimento de juncos". Os especialistas continuam preocupados com o efeito das espécies invasoras naquela área.