A Câmara de Aveiro formulou um 'Voto de Pesar' pelo falecimento do Padre João Gonçalves. "Foi um homem notável e bom, defensor de causas, tendo desenvolvido ao longo da sua vida um trabalho ativo, solidário e de inclusão, dedicado ao outro, aos que precisam de apoio, ajuda e solidariedade" é referido num comunicado da Câmara enviado à Redacção Terra Nova.

O Padre João Gonçalves "fica para sempre ligado à Região de Aveiro e, em particular, ao Município de Aveiro", onde exerceu funções de Presidente da IPSS Diocesana 'Florinhas do Vouga', de Capelão do Hospital de Aveiro, de Ecónomo Diocesano Diretor da Casa Sacerdotal Santa Joana Princesa, de Assistente Diocesano da Associação dos Médicos Católicos, de Diretor do Secretariado Diocesano da Pastoral Sócio-Caritativa, de Membro do Colégio de Consultores Diocesanos, de Assistente da Cáritas Diocesana, de Assistente da Equipa Diocesana do Renovamento Carismático e de Membro da Comissão de Aplicação do Fundo Económico do Clero.

O Padre João Gonçalves exerceu funções de Pároco da Diocese da Glória, "desenvolveu uma ação importante no campo da assistência, com dedicação e carinho, ao apoio moral e humano em favor dos detidos no Estabelecimento Prisional de Aveiro, bem como um papel relevante junto dos mais idosos", tendo-lhe sido atribuída, em 1999, pela Câmara Municipal de Aveiro, a Medalha de Mérito Municipal de prata. Na sua "grande e imensa obra em prol do próximo, ficou conhecido como o 'Padre das Prisões'". Foi Coordenador Nacional da Pastoral Penitenciária e Capelão do Estabelecimento Prisional Regional de Aveiro, tendo recebido em 2019 o prémio 'Gente da Paz e de Justiça', no Encontro Internacional de Cusa e Valores da Humanidade. 

Foi decretado Dia de Luto Municipal, a cumprir no dia 10 de Dezembro de 2020, no qual se realiza o seu Funeral.